La investigación es una estrategia de trabajo de Fundación Nimehuatzin, a través de la cual orienta sus intervenciones y a la vez comparte con la comunidad nacional e internacional los hallazgos, que contribuyen a una mayor comprensión de aspectos culturales, antropológicos, sociales, económicos y psicológicos que intervienen en la situación de la epidemia en Nicaragua.

En 1995 realizó la Investigación Cualitativa sobre comportamiento de alto riesgo frente al SIDA, con financiación y apoyo técnico de Family Health International. El estudio se llevó a cabo en Managua, Corinto, Puerto Cabezas y Bluefields. Los resultados del estudio han sido publicados por Fundación Nimehuatzin en el libro “Sexo inseguro”.

Como parte d el proyecto de Sensibilización entre instituciones Ombudsman, parlamentarios y otros tomadores de decisión, acerca de las ITS, el VIH/SIDA y los derechos sexuales y reproductivos en Centroamérica, Fundación Nimehuatzin elabora en 2003 el Informe sobre la legislación nicaragüense relativa al VIH y los derechos humanos. Dicho proyecto fue llevado a cabo por el Instituto Interamericano de Derechos Humanos con auspicio del UNFPA y en coordinación con la OIT.

En el 2003, a través del proyecto “Discriminación y exclusión laboral por VIH/SIDA en Centroamérica, Haití y República Dominicana”, Fundación Nimehuatzin prepara el Informe de país sobre la situación del VIH y derechos humanos en ámbito laboral. El proyecto sobre la discriminación y exclusión laboral fue ejecutado por la Organización Regional Interamericana de Trabajadores/ Confederación Internacional de Organizaciones Sindicales Libres (ORIT/CIOSL) y el Consejo Latinoamericano y del Caribe de ONG con Servicio en VIH/SIDA (LACCASO).

Entre 2003 al 2006 ejecuta en Managua y Chinandega la investigación cualitativa “Drug use and HIV risk in Nicaragua”, contando con el apoyo del National Development and Research Institutes, NDRI y con fondos de National Institutes of Health, NIH (NIDA/NIH Grant No. R03 DA 16163 y P3O DA011041)