La misión se orienta al desarrollo y la sostenibilidad, desde un abordaje ético, multidisciplinario y con enfoque de género, a fin de contribuir a la promoción y defensa de los derechos humanos, como la estrategía más eficaz y adecuada de prevención y control de la epidemia.

Los objetivos de la Fundación son: promover políticas, estrategias y métodos de prevención y tratamiento del VIH/SIDA, de impacto individual y social, con enfoque de género, centrados en el respeto atribuido a las personas en la Declaración Universal de los Derechos Humanos.

Contribuir a la promoción, protección y defensa de los derechos humanos ante la epidemia del VIH/SIDA.

Impulsar cambios en las actitudes y prácticas que constituyen factores de riesgo para la infección del del VIH y su consecuencia, el SIDA.

Potenciar una respuesta adecuada y sostenible a la epidemia, fortaleciendo la capacidad de las comunidades y las instituciones con las que trabaja.

Fundación Nimehuatzin promueve y ofrece una actitud positiva y liberadora frente al VIH y el SIDA, impulsa el autoestima, el respeto social y el reconocimiento de las personas afectadas.

Fundación Nimehuatzin es miembro fundador del International Council of AIDS Service Organizations (ICASO) y de su Secretariado para América Latin (LACCASO)

Fundación Nimehuatzin es propulsora de la Ley 238: "Ley de Promoción, Protección y Defensa de los Derechos Humanos ante el SIDA", que incluye las normativa más moderna de América Latina.

Desde 2004 Fundación NImehuatzin cuenta con un Comité de Etica (Institutional Review Board), registrado en Estados Unidos.